| 车次 | 始发站 | 始发 时间 |
到站 时间 |
离站 时间 |
终点站 | 终到 时间 |
| D5504 | 南通 | 06:10 | 07:35 | 07:37 | 南京 | 08:47 |
| D5432 | 南京 | 08:07 | 09:17 | 09:19 | 启东 | 11:38 |
| D5433 | 南京 | 08:07 | 09:17 | 09:19 | 启东 | 11:38 |
| D5554 | 南京 | 09:50 | 10:59 | 11:02 | 南通 | 12:35 |
| D5555 | 南京 | 09:50 | 10:59 | 11:02 | 南通 | 12:35 |
| D9492 | 南京 | 10:00 | 11:11 | 11:13 | 南通 | 12:45 |
| D9493 | 南京 | 10:00 | 11:11 | 11:13 | 南通 | 12:45 |
| D5514 | 南通 | 10:02 | 11:33 | 11:35 | 南京 | 12:45 |
| K94 | 南通 | 11:40 | 13:40 | 13:44 | 深圳东 | 14:28 |
| K91 | 南通 | 11:40 | 13:40 | 13:44 | 深圳东 | 14:28 |
| D5442 | 南京 | 13:56 | 15:06 | 15:08 | 启东 | 17:31 |
| D5443 | 南京 | 13:56 | 15:06 | 15:08 | 启东 | 17:31 |
| D9494 | 南通 | 14:03 | 15:39 | 15:41 | 南京 | 16:55 |
| D5532 | 南京 | 14:47 | 15:56 | 15:58 | 南通 | 17:33 |
| D5533 | 南京 | 14:47 | 15:56 | 15:58 | 南通 | 17:33 |
| D9546 | 南京 | 15:52 | 17:03 | 17:05 | 南通 | 18:38 |
| D9547 | 南京 | 15:52 | 17:03 | 17:05 | 南通 | 18:38 |
| D5556 | 南通 | 16:14 | 17:41 | 17:44 | 南京 | 18:53 |
| D5448 | 启东 | 16:39 | 18:56 | 18:58 | 南京 | 20:10 |
| K92 | 深圳东 | 18:02 | 19:44 | 19:58 | 南通 | 22:16 |
| K93 | 深圳东 | 18:02 | 19:44 | 19:58 | 南通 | 22:16 |
| D9548 | 南通 | 19:25 | 20:50 | 20:52 | 南京 | 22:00 |