| 车次 | 出发站 | 开车时间 | 到达站 | 到达时间 |
| D5504 | 南通 | 06:10 | 南京 | 08:47 |
| D5552 | 南通 | 07:30 | 南京 | 09:29 |
| D5412 | 南通 | 07:46 | 南京 | 10:23 |
| D5413 | 南通 | 07:46 | 南京 | 10:23 |
| D5434 | 南通 | 07:47 | 南京 | 10:23 |
| D5514 | 南通 | 10:02 | 南京 | 12:45 |
| D5438 | 南通 | 10:35 | 南京 | 13:27 |
| D5524 | 南通 | 11:54 | 南京 | 14:22 |
| D9494 | 南通 | 14:03 | 南京 | 16:55 |
| D5444 | 南通 | 15:15 | 南京 | 17:53 |
| D5556 | 南通 | 16:14 | 南京 | 18:53 |
| D5534 | 南通 | 16:47 | 南京 | 19:22 |
| D5448 | 南通 | 17:29 | 南京 | 20:10 |
| D5544 | 南通 | 18:20 | 南京 | 20:53 |
| K136 | 南通 | 18:38 | 南京 | 21:52 |
| K137 | 南通 | 18:38 | 南京 | 21:52 |
| D5454 | 南通 | 18:58 | 南京 | 21:28 |
| D9548 | 南通 | 19:25 | 南京 | 22:00 |